每天用吸尘器吸去孵化器内的灰尘、蛋窝垫料和碎蛋壳等杂物，清除落地的破蛋，用消毒药(季胺、双氧水或过氧乙酸)消毒地面。此外，还应对孵化器内环境作定期消毒，方法有两种：

1、熏蒸消毒。现国内普遍使用，通常使用两倍量福尔马林，熏蒸20分钟。采用该方法时，应注意避开24－96小时胚龄这一敏感时段。此外，由于熏蒸时可能有福尔马林渗漏到孵化间内，因此还应注意该操作是否会影响其它孵化器内的胚蛋。

2、1％双氧水喷雾消毒，可每天做1－2次，每次20分钟，该方法能有效地控制霉菌的生长。应定期用消毒药檫拭孵化器的外表面，尤其注意孵化器的顶部。应定期清理和消毒孵化器的进风口、风扇和内部风道。